องค์กรพันธมิตรคริสตจักร  มุ่งให้ทุกคริสตจักร มุ่งวัตถุประสงค์ในการ ประกาศ นมัสการ สามัคคีธรรม เสริมสร้างผู้นำ และรับใช้ เพื่อเป้าหมาย คือ นำคนมารับเชื่อ เลี้ยงให้เติบโดยใช้ความรัก  ดังนั้นพันธกิจแรก ซึ่งถือว่าเป็นภารกิจที่สำคัญของคริสตจักรในองค์กรฯ การนำวิญญาณ

M = Membership = ด้านสมาชิกภาพ เน้นการอธิษฐาน นมัสการ ประกาศ นำวิญญาณ และเลี้ยงดู ผู้เชื่อใหม่ให้มั่นคงใน ความเชื่อ ความหวังใจ และความรักในพระเยซูคริสต์ 

E= Extension =  จะขยายคริสตจักรที่มีคุณภาพ ภายในสิ้นปี 2026 ไปยังจังหวัดต่างๆทั่วประเทศไทย ผ่านการจัดงานประกาศใหญ่ และ เป็นพยานส่วนตัว

R= Retention = การรักษาสมาชิก ผู้นำ หรือคริสตจักรให้อยู่ร่วมกันแบบมีความสุข มีระเบียบวินัย สร้างบรรยากาศของการประสานงานเป็นทีมมีการสนับสนุนงานซึ่งกันและกัน โดยการจัดการฟื้นฟู ปีละ 2 ครั้ง                                                                         

L= Leadership = จะจัดให้มีการพัฒนาผู้นำในทุกระดับ ได้แก่ ผู้นำระดับสูง ระดับกลาง  และระดับต้น โดยให้ทุกคนทีสิทธิที่จะพัฒนาไปจนถึงระดับสูงได้ สร้างผู้นำฝ่ายจิตวิญญาณ ดังภาพ